Odbiorcy faktur, którzy chcą je przechowywać w formie elektronicznej, muszą stosować bezpieczny podpis elektroniczny z kwalifikowanym certyfikatem, lub wymianę danych elektronicznych (EDI). Faktury wystawione w pdf i przesłane e-mailem muszą być przechowywane w formie papierowej. Zapisanie ich tylko na dysku komputera może narazić firmę na kłopoty podczas kontroli.